医院设有神经内科、心血管内科、呼吸内科、消化内科、内分泌科、肾内科、风湿免疫科、血液科、肝科感染科、肿瘤内科、全科医学科、神经外科（神经介入、神经重症监护）、骨科（创伤/足踝）、骨科三病区（脊柱/骨病）、骨科（关节/手外）、肝胆胰外科、肛肠外科、血管外科、胃肠外科、甲状腺/乳腺外科、胸心外科、泌尿外科、烧伤整形外科、产科、妇科、生殖医学科、儿科/生长发育科、新生儿科/小儿外科、眼科、耳鼻咽喉科、口腔科、男科、皮肤科、中医科、针灸科、中西医结合科、畲医药科、干部保健科、精神卫生科、肿瘤放疗科、急诊一病区（急诊重症监护）、急诊二病区（创伤/急腹症/疝与腹壁）、麻醉科、手术室、介入科、重症医学科、康复医学科、心理咨询室、血液净化科、理疗推拿科、高压氧室、静脉用药配置中心、输液室、疼痛科、消毒供应室、门诊服务中心、药学部、检验科、输血科、放射科、核医学科、特检科、消化内镜中心、病理科、营养科、健康教育科、健康管理中心等临床科室和医技科室。
一、浙江省医学重点学科：风湿免疫病学、神经外科学、中医学。
二、丽水市医学重点学科：普通外科学（微创外科）、普通外科学（创伤医学）、普通外科学（肛肠外科学）、普通外科学（乳腺外科学）、骨外科学、骨外科学（骨关节病）、骨外科学（创伤骨科学）、神经外科、神经病学、重症医学、感染性疾病学、肿瘤放疗科、心血管病学、消化内科、血液病学、康复医学、急救医学、全科医学、内分泌病学与代谢病学、中西医结合临床医学（中西医结合消化病学）、妇产科学、儿科学、口腔医学、眼科学、耳鼻咽喉科学、麻醉学、护理学、专科护理学（外科护理学）、专科护理学（急诊护理学）、药剂学、民族医学（畲医药）、实验诊断学。
三、温州医科大学重点学科：神经外科学、普通外科学、骨外科学、肿瘤放疗学。
一、优势病种：类风湿关节炎、系统性红斑狼疮、强直性脊柱炎、干燥综合征、多发性肌炎/皮肌炎、系统性硬化症、骨质疏松、垂体瘤、胶质瘤、听神经瘤、三叉神经痛、面肌痉挛、癫痫持续状态、重症肌无力危象、格林巴利合并呼吸肌麻痹、经皮选择性冠脉造影术、心脏瓣膜球囊扩张成形术、白血病、淋巴瘤、骨髓瘤、各种贫血、糖尿病、垂体疾病、异位妊娠（即宫外孕）、子宫内膜异位症、卵巢囊肿、牙周疾病。
二、优势技术：选择性脊神经切断术治疗脑瘫、低位直肠癌保留肛门手术、乳腺癌保乳手术、保留乳房外形的内塑形技术、骨盆髋臼骨折脱位的手术、3D导航下低位髋臼骨折闭合复位耻骨支螺钉内固定术、经皮置钉内固定术治疗胸腰椎骨折、臂丛神经根性撕脱伤多组神经移位术、贲门失迟缓症经内镜隧道肌切开术、经隧道粘膜下肿瘤切除术、外阴癌根治术、宫颈癌根治术、卵巢癌根治术+化疗、颌面部先天性畸形术治疗、支撑喉镜下低温射频消融喉部分切除术、穿透性角膜移植联合白内障摘除人工晶体植入术、复杂视网膜脱离复位术、各种复杂的泪道手术。
